A seconda della versione di EndNote in uso e di quello di cui si vuole disporre online ci possono essere tre modi di agire:

1. fino alla v. X5 inclusa si possono avere due archivi diversi decidendo sia la direzione del trasferimento dei records, sia la quantità
2. dalla v. X6 il meccanismo è solo di sincronizzazione bidirezionale degli interi archivi, con lo scopo di avere alla fine due archivi perfettamente allineati, attachments inclusi
3. un'alternativa è rinunciare tout court alla sincronizzazione ed alimentare separatemente EndNote Online, cfr. la nota finale in Esportazione e Importazione

1 - TRASFERIRE fra  EndNote Online e EndNote "desktop" fino alla v. X5

• si sceglie la provenienza, quali record inviare (con diverse opzioni per EndNote: i record evidenziati, tutti quelli di un archivio, quelli di un gruppo)
• la destinazione (gruppo / folder) nel web
• se ammettere o no duplicati 

il proprio account EndNote Web deve essere stato avviato, non si passano record ad altri, per questo bisogna condividere i gruppi

Trasferimento fra desktop e web: | Tools | EndNote Online

2 - Sincronizzazione, dalla v. X6

Dalla v. X6 il meccanismo non è più di deliberato trasferimento di tutti o alcuni record, ma è di sincronizzazione bidirezionale degli interi, con lo scopo di avere alla fine due archivi perfettamente allineati, attachments inclusi. Non è solo il desktop che viene copiato online, l'online può essere stato modificato a mano infatti: viene fatto confronto e poi fusione

Da | Tools | Sync per comandarlo espressamente

ma è in | Edit  | Preferences | Sync  che si fissa la configurazione: estremi identificativi dell'utenza (credenziali), e quando effettuare la sincronizzazione, con 3 opzioni (cfr. Figura: all'apertura, alla chiusura di un archivio, ad un intervallo di tempo fisso) che non sono reciprocamente escludentisi

Sincronizzazione