Di solito (fino alla X7) una nuova edizione di EndNote viene pubblicata a maggio-giugno per Windows e a luglio per Mac OS X. Questa consuetudine si è interrotta per la prima volta nel 2014. La seguente cronistoria segnala solo le aggiunte, tace sulle correzioni di eventuali malfunzionamenti. L'elenco è un promemoria.

X7 2013

1. Fra le Preferences ("PDF Handling")  possibilità di decidere come cambiare il nome ai file PDF introitati
2. Nelle bibliografie prodotte per un dattiloscritto Word è possibile stabilire delle sottointestazioni (subheading) e quindi delle categorie ad esempio per fonti primarie e secondarie
3. Nella Library Window il tasto destro o il drag and drop sulla barra delle colonne permette di modificare l'ordine dei campi e quali affiggere
4. Fra le correzioni trasversali è anche possibile copiare il Record Number in un altro campo
5. Sincronizzazione (Sync) dei dati fra EndNote desktop e EndNote online e iPad in background
6. Nuovi RT: Interview, Podcast, Conference Paper e Press Release
7. Nuove opzioni nelle Preferences per il valore Read/Unread
8. La Quick Search cerca in tutti i campi più parole automaticamente in AND
9. Ormai gli stili citazionali sono oltre 6.000 (http://endnote.com/downloads/styles)
10. Fornito un plug-in per aggiungere citazioni e liste a diapositive PowerPoint (solo Windows)
11. EndNote viene automaticamente aggiornato all'ultima versione disponibile

X6 2012

1. Sincronizzazione dei dati fra EndNote desktop e EndNote online : la library online è ormai solo una copia di quella locale e viceversa
2. Aggiunto per ogni record lo status: Read/Unread e le condizioni che possono automaticamente cambiarlo (ad es. avere aperto il record)
3. Gli allegati PDF possono venire aperti in una finestra aperta per lettura e modifica
4. I comandi Copy e Move field possono spostare il contenuto di un campo mantenendone le eventuali alterazioni tipografiche 8corsivo etc.) al testo
5. Aggiunto per tutti gli RT il campo Rating, a stelle, 5 max, anche ricercabile 
6. Si può spedire per e-mail record e allegati, file, figure, anche dal PDF viewer
7. Aggiornata la lista delle riviste di scienze mediche con le loro abbeviazioni: oltre 13.000 titoli
8. CWYW consente di editare per presenza/omissione anche nome di author e anno/year nelle note a piè di pagine (footnotes)
9. Trattamento di maiuscole potenziato anche in cerca e sostituisci e quando si edita (tOGGLE cASE: inverti)
10. Download e importazione immediata, diretta, in EndNote di record prelevati da PubMed
11. Comando ad hoc per trovare i legami rotti con i PDF ed altri allegati (sembr aperò messa in attto solo ocn la X7)
12. da certi database può importare anche record in XML

X5 2011

1. La sincronizzazione fra EndNote desktop e EndNoteWeb online trasferisce anche i file allegati ai record (attachments)
2. Visualizzazione di PDF dentro a EndNote con possibilità di aggiungere proprie note ed evidenziazioni
3. Col comando “Find Reference Updates" si può aggiornare automaticamente un record: EndNote ne cerca la versione online, grazie a dei codici identificativi come PMID e propone le due versioni affiancate per fare le correzioni, integrazioni ...
4. Si possono copiare e spostare i contenuti dei campi in Change & Move Fields
5. Stili: Conditional Formatting per rimpiazzare certi campi mancanti con altri reputati alternativi : es. se manca il DOI metti l'URL
6. Nel comparare documenti in Duplicate detection fa da sé l'evidenziazione dei campi in cui ci sono differenze
7. Nuovi RT: Music, Dataset ed anche un paio di campi nuovi (NIHMSID, Article Number)

X4 2010

1. Importa file PDF, e se questo a DOI EndNote deriva i metadati da db CrossRef e crea un record in archivio, se non ha DOI creerà comunque un record ma vuoto col nome del file PDF e con il titolo. Può importare anche una cartella di PDF
2. La ricerca si può condurre anche sul testo dei PDF allegati
3. Pannello di Quick Edit in basso assieme a Search e Preview per consentire rapido accesso in scrittura a un record
4. Si può fare ricerca booleana sui gruppi: confronta i record per evidenziare le sovrapposizioni
5. Si possono esplicitamente usare le wildcards * ad inizio e fine stringa, non dentro *duction*, ma non m*ss
6. Nel confrontare i duplicati si possono correggere i dati dei record
7. Nella formattazione di un datiloscritto è possibile fare sì che le citazioni nel testo sia legate (hyperlink) alla froma estesa nella bibliografia finale
8. Stili: istruzioni per formattare note a pié di pagina, footnotes, immediatamente consecutive e NON immediatamente consecutive
9. Nuovi RT: Dataset, Electronic Book Section
10. Maiuscoletto (Small Caps) accessibile in ogni campo
11. Non c'è più un manuale completo in PDF, solo l'help

X3 2009

1. CWYW compatibile con OOw
2. Nuovo gruppo di servizio "Unfiled" per quelli che non vanno in alcun gruppo
3. Aggiuti i Sets, rami a cui si appendono necessariamente i Gruppi
4. La Compressed library (urtile per backup, invii...) può escludere gli allegati
5. I duplicati vengono di nuovo mostrati uno accanto all'altro per confronto più agevole
6. Filtri, stili, file di connessione con host Z39.50 etc. sono caricati per default in dose ridotta
7. Un documento Word può contenere più sezioni xcon riferimenti bibliografici
8. Un conto di accesso EndNoteWeb è ora incluso