L'ultimo manuale a stampa, ufficiale, rilegato (597 p.), comparve insieme alla versione 8 di EndNote, da allora il prezzo non è mutato ma il manuale non viene più stampato. Fino alla v. X3 veniva prodotto un file PDF equivalente al manuale, adesso, dalla v. X4, non viene più prodotto.
C'è solo l'Help insieme al programma, che non è contestuale ed è privo di illustrazioni.  L'help esiste anche come un unico, corposo, file, ovviamente pieno di ridondanze e di legami ipertestuali che sulla carta vengono persi, presenta comunque un indice analitico. Altro materiale didattico è ampiamente disponibile in rete, ad esempio il canale di formazione dedicato a EndNote su Youtube : https://www.youtube.com/user/EndNoteTraining.
La Thomson comunque pubblica in continuazione sussidi, documenti, anche corposi[1] , su argomenti specifici, reperibili e scaricabili dalla EndNote Knowledge Base.

Nelle pagine che seguono è illustrata una scelta degli argomenti, che non osa pensare di rimpiazzare l'help ufficiale del programma, né la documentazione della casa madre. Questa documentazione non è un manuale che accompagna l'utente da tutti i passi più semplici (spesso eseguibili con un clic del mouse) in su, clic per clic, soffermandosi sulle operazioni basilari, ma in compenso dà un'ampia panoramica allo stesso tempo analitica, e contiene osservazioni critiche derivanti da anni di uso del programma che talora non si trovano nell'help del programma.

Questo lavoro è stato organizzato non per venire stampato e letto su carta, ma consultato in linea in forma digitale potendosi avvantaggiare dei rimandi, soprattutto interni, presentati sotto forma di legame ipertestuale, dai rimandi agli indici.
É stato scritto tenendo in mente anche chi scrive e il tipo di documentazione, analitica, di cui ha perlopiù desiderio e bisogno.

Esso tiene conto delle modifiche intercorse fino alla versione X7 (2013) inclusa.

Per quello che mi consta le edizioni MS-Windows e Apple-Macintosh sono appaiate e sostanzialmente analoghe, per cui la seguente documentazione funziona anche per Mac fino a che non ci si spinge nelle interazioni con il word processor e l'ubicazione dei file o gli add-on specifici dell'ambiente Windows e Apple-Macintosh.

Ormai, dalla v. X7, la licenza d'uso vale per fino a 3 computer per persona (ma una persona per computer!), in modalità cross-platform, indipendentemente da quale hardware e sistema operativo si usi (OS X Mac o Windows MS) e consente di disporre di un conto per l'archivio online: EndNote Online.