Ci sono vari files, oggetti, di EndNote installati in punti diversi del disco (cfr. sotto le figure), che cambiano anche in ragione del sistema operativo utilizzato (MS-Windows XP, Vista, 7 Seven, 8. ..).
Quanto salvato in cartelle riservate ad un utente risulta differenziato rispetto a quanto riservato ad un altro utente della stessa macchina oppure a quanto invece messo in "Pubblica" e dunque condiviso fra i vari utenti; così libraries non condivise
avranno preferenze distinte.
 
    
        
            | Ubicazione dei Files |  | 
        
            | alcune ubicazioni sono sotto il controllo dell'utente in  | Edit | Preferences | Folder Locations (cfr. qui a destra), altrimenti: 
                    Program Folder:
                    Contiene il programma EndNote.exe ed oltre 10 cartelle fra cui: Connections, Filters, Terms Lists, Spelling Dictionnaries, Templates, Pocket PC; documentazione (Help, License, Readme, Getting started guide ...) etc.
 C:\Program Files\EndNote Xn
 (con Win 64 bit ver.: C:\Program Files (x86)\EndNote X4 )
Shared Folder:
                    in una cartella di nome Examples contiene una library di esempio ed altre libraries ([library-name].enl + dati annessi ([library-name].Data) come immagini e PDF allegati;
 se uno piazza qui i propri archivi questi saranno accessibili ad ogni utente della medesima macchina
 Windows XP: C:\Documents and Settings\All Users\Shared Documents\EndNote
 Windows Vista: C:\Users\Public\Public Documents\EndNote
 Windows 7: C:\Users\Public\Documents\EndNote
Personal Folder:
                    (cfr. figura a lato delle Preferences) contiene: le cartelle distinte per styles, connections, filters con file nuovi o modificati.
 Quando si sta modificando e poi salvando uno di questi file distribuiti col programma, Endnote propone di salvarne una copia rinominandola  "[nome originale] Copy" e la colloca dove previsto e da noi comunque
                    decidibile
 Windows XP: C:\Documents and Settings\[UserName]\MyDocuments\EndNote
 Windows Vista: C:\Users\[UserName]\Documents\EndNote
 Windows 7: C:\Users\[UserName]\Document...
Preferences in Appdata\Roaming (che può essere una cartella nascosta): 
                    a) connect.log log delle connessioni online coi dati come scaricati;
 b) RefTypeTable.xml che contiene i reference types i tipi di documenti, anche modificati (ed esportabili e così condivisibili con altra installazione), le strategie di ricerca salvate
                    etc., stanno in:
 Windows XP: C:\Documents and Settings\[UserName]\Application Data\EndNote
 Windows Vista: C:\Users\[UserName]\AppData\Roaming\EndNote
 Windows 7: C:\Users\[UserName]\AppData\Roaming\EndNote
 Windows 8: C:\Users\[UserName]\AppData\Roaming\EndNote
 | EW: n.a. | 
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                Ad es. in Win Vista navigando con Win Explorer si legge
 1: program
                C:\Program Files\EndNote X4 = .. C:\Programmi\EndNote X4
 2: shared
                C:\Users\Public\Public Documents\EndNote = .. C:\Utenti\Pubblica\Documenti Pubblici\EndNote
 3: personal
                C:\Users\[UserName]\Documents\EndNote = .. C:\Utenti\[nome-utente]\Documenti\EndNote
 4: preferences
                C:\Users\[UserName]\AppData\Roaming\EndNote  = .. C:\Utenti\[nome-utente]\AppData\Roaming\EndNote
   |   | 
    
    
        esempio: Cartelle di residenza di file EndNote X4 in Windows Vista 
    
    
        
            |  |  | 
        
            | 1 Program | 2 Shared = Pubblica | 
        
            |  |  | 
        
            | 2  Shared aperta in Examples | 4 Preferences |