EndNote "Web" per la Thomson ora è solamente EndNote Online web based, ed anche "basic/online" [1] ) ed è offerto in 3 diverse modalità:

  Un conto libero di utilizzazione "Basic", per chiunque,  che consente: di lavorare solo online (i.e. senza EndNote desktop e quindi senza scambio di dati), di caricare 'solo' fino a 50.000 record, di disporre di 2GB per gli allegati dei record (attachments), di usare ca 20 stili di citazione e solo 5-6 dei più diffusi database online per le ricerche (come Library of Congress, British Library, CrossRef, PubMed ...).

  Un conto connesso ad una regolare licenza per EndNote desktop che permette -per 2 anni- di sincronizzare la biblioteca (unica) su web e quella (scelta) su EndNote desktop.
Anche questo conto sembra avere restrizioni per numero e tipo di stili di formattazione, database ricercabili, filtri di importazione e formati di esportazione. 
La sincronizzazione ha delle impostazioni in EndNote desktop (cfr. Preferenze di configurazione) e quando avviene fa la fusione dei due archivi in entrambi i sensi fino ad ottenere due oggetti simmetrici, allegati inclusi: non c'è la possibilità -che c'era fino a X5- di trasferire solo certi record e di decidere se volere archivi fra loro identici o no; ora si può solo decidere, a un certo punto, di arrestare la sincronizzazione.

  Se si lavora dentro un ente (università etc.) che ha un abbonamento al database ed ai servizi di Web of Knowledge (WoK) allora si dispone -come istituzione- anche di 1 conto con poteri di amministratore ed è possibile trasferire filtri di importazione, stili, file di connessione per la ricerca online dalla versione desktop a quella online, importandoli a partire da quella e mettendoli a disposizione di tutti gli utenti affiliati[2], si può arrivare ad interrogare 3000 cataloghi in linea e a disporre di oltre 3000 stili di citazione.

L'operatività su EndNote Online con EndNote desktop per quanto concerne la "sincronizzazione", ossia il passaggio di record fra i due ambiti, fino alla versione X5 era più 'umana' prevedeva che si potesse scegliere quali record trasferire e in che direzione, distintamente dal web e dal desktop: era libera, discriminata, flessibile, più laboriosa se solamente si voleva disporre di una copia identica online, un mirror. Adesso, una volta deciso di sincronizzare il rispecchiamento bidirezionale di tutto l'archivio è automatico e inevitabile.

Si crea un account a https://www.myendnoteweb.com/ seguendo le indicazioni per password (con maiuscola, cifra, segno 'particolare', lunghezza minima 8 caratteri) e indirizzo e-mail.

Tutto il programma EndNote Online viene gestito dalla Thomson ed i dati sono presso loro host computers nuvolosi.

Molte delle funzioni di EndNote desktop vi sono replicate, comprese la ricerca su database remoti e l'interazione con MS-Word (ma non OOw) per formattare un testo e produrre una bibliografia usando gli stili di output. 
Va da sé che la struttura fondamentale di record, RT e campi è condivisa con EndNote desktop, ma non presentata allo stesso modo.
Medesime sono le convenzioni di scrittura dei dati.
Per l'illustrazione di tutto quanto è comune si rimanda alle pagine precedenti che riguardano EndNote desktop.

Si gestiscono anche gli allegati, attachments, e si possono creare legami a file in YouTube.com.

Si possono creare gruppi ed associarli ad altri utenti registrati di EndNote Online conferendo ad essi diversi diritti di lettura/scrittura. 
Non si pubblica dunque un database o una lista statica aperti a tutti, ma aperta solo ad utenti selezionati che devono possedere credenziali di accesso.

Schermata principale di EndNote Web